แผนกปลาได้ดำเนินการศึกษาวิจัยความหลากหลายทางชีวภาพของปลาประเทศไทยและประเทศใกล้เคียง โดยมีวัตถุงประสงค์ในการบูรณาการณ์ เพื่อการพัฒนางานวิจัย เผยแพร่ความรู้แก่สาธารณะและเป็นแหล่งเก็บรวบรวมตัวอย่างปลาที่สำคัญแห่งหนึ่งของประเทศไทย