แผนกปลาได้ดำเนินการศึกษาวิจัยความหลากหลายทางชีวภาพของปลาประเทศไทยและประเทศใกล้เคียง โดยมีวัตถุงประสงค์ในการบูรณาการณ์ เพื่อการพัฒนางานวิจัย เผยแพร่ความรู้แก่สาธารณะและเป็นแหล่งเก็บรวบรวมตัวอย่างปลาที่สำคัญแห่งหนึ่งของประเทศไทยและภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ มีวัสดุตัวอย่างปลาอ้างอิงที่ลงทะเบียนแล้วประมาณ 12,000 หมายเลข และไม่ลงทะเบียนเป็นจำนวนมาก
ตัวอย่างปลาส่วนใหญ่เป็นตัวอย่างที่ได้รับบริจาค จากสถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งประเทศไทย (Thailand Institute of Scientific and Technological Research, TISTR) ซึ่งเป็นตัวอย่างปลาทะเลและปลาน้ำจืดที่เป็นตัวอย่างต้นแบบ (Type specimens) และตัวอย่างทั่วไป ประมาณ 1,000 ขวด เมื่อปี พ.ศ. 2542 หลังจากนั้นทางแผนกได้รับตัวอย่างเพิ่มเติม ทั้งจากการทำงานวิจัยและการได้รับบริจาคจากบุคคลหรือหน่วยงานภายนอกจนถึงปัจจุบัน
